第二，自主创新与对外开放的关系。我们今天提出自主创新，不同于过去在外国封锁背景下的“独立自主，自力更生”。强调自主创新，是为了更好地利用开放的条件，更好地发挥引进的作用。这些年来，我们扩大对外开放，加强国际科技交流与合作，积极引进国外先进技术，成为加快我国科技升级和经济发展的有效途径。应该说，没有对外开放，就没有现在搞自主创新的基础和条件。但另一方面，没有自主创新，一味地引进，便会永远受制于人，永远不能与先进国家平等对话，永远难于摆脱技术落后的局面。无数事实已经无可辨驳地证明：核心技术是买不来的。
自主创新不等于“关门创新”，而是以我为主，充分利用国内、国外两种资源进行创新，最终目的是为我所用，自主开发我们自己的产品。在经济全球化的今天，取得国际竞争力，掌握核心技术和拥有知识产权才是关键，不可能也不必要样样事情都由自己来做。我国的发展是在开放条件下的发展，我们的创新也是在开放条件下的创新。即使将来我们自主创新能力有了明显提高，也还要不断地向其他国家学习，同世界各国切磋，该引进的技术还是要引进。不同的是，我们对外开放交流的层次更高，底气更足，基础更牢。
第三，企业与科研院所的关系。中央提出，要建立以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系。以企业为主体，意味着企业要成为技术创新的投资主体、研发主体和成果应用主体。这一提法使一些科研院所的同志感到迷茫。说过去搞研发我们历来是主体，现在企业要成为主体，那我们干什么去呢？是不是被边缘化了？这种认识是片面的。
在社会主义市场经济条件下，企业是市场竞争的主体和技术创新的主体，这已经成为共识。然而，从目前我国国情出发，大多数企业更多还是投资和应用的主体，有灵活的机制，有强烈的市场意识，有可投入的资金，有应用新技术的欲望。这便为科研院所提供了用武之地。新时期的科研院所要大有可为，关键是要以市场为导向与企业融为一体，共同打造技术创新的链条，根据企业创新的需求，不断地为企业提供新技术，通过企业实现科研成果的产业化。作为技术创新体系的重要组成部分，科研院所在竞争前研究、共性技术研究以及人才培养等方面，都将发挥不可替代的作用。
有人把科技创新比作战争，企业是疆场拼杀的主力部队，科研院所既是主力部队的“侦察连”，又是主力部队的“兵工厂”。这样的组合，是企业与科研院所互动双赢的最佳组合，是“科技面向经济，经济依靠科技”的最佳组合，更是在自主创新的道路上克敌制胜的最佳组合。千千万万创新型企业崛起之时，就是科研院所大有作为之日，也才能真正把提高自主创新能力作为调整经济结构、转变增长方式的中心环节。
第四，体制创新与科技创新的关系。自主创新绝不仅仅是一个科技或经济范畴的问题。事实上，一种有利于自主创新的环境和条件是由包括思想观念、法律法规、政策环境、体制机制等在内的多种因素决定的。
很多企业和科研人员都提出了这样的问题：“自主创新为什么这么难？”其中一个原因就是目前的科技发展体制和机制还不适应自主创新的要求，有些甚至还束缚着企业和科研人员的手脚。崭新的体制和机制是科技创新的主要杠杆，科技创新急需与时俱进的体制和机制。因此，深化科技体制改革，建立健全新的机制，已经成为自主创新道路上的“破冰之旅”。
建立以企业为主体、产学研结合的技术创新体系，是深化体制改革的突破口。要围绕这一目标，改革体制，创新机制，制定和完善财政税收、政府采购、科技计划等方面的政策和措施，鼓励和引导企业在投资研发、技术应用、技术创新上向主体地位迈进。深化科技体制改革要以自主创新为导向，凡是有利于自主创新的制度规范，都要抓紧制定；凡是有利于自主创新的政策措施，都要抓紧出台；凡是有利于自主创新的文化学术环境，都要努力营造。科技管理部门要率先成为自主创新的“护花使者”，制定切实有效的具体措施和工作步骤，与相关政府部门联合协作，为自主创新开辟一条高效、快速的绿色通道。
第五，自主创新与知识产权的关系。知识产权的重要性已经越来越被人们所认识。它是人们在科学、技术、文化、艺术等领域，从事高智力活动而创造的财富，这种和知识联系在一起的财富是一种无形财富，拥有法律上确认的产权。我们倡导自主创新，一个重要的环节就是要获取和掌握更多的自主知识产权和知名品牌。大凡技术创新的最终结果，都要落实到一个产品上或者一个制造工艺上，然后推向市场。在这个创新的全过程中，知识产权起着非常重要的先导作用，产权化的知识在知识经济中构成了不可缺失的生产要素。没有知识产权的产品和技术，无法参与市场竞争。没有知识产权的有效保护，自主创新就失去了动力。自主创新是知识产权的源泉，知识产权是自主创新的基础和衡量指标，是创新型企业发展的“助推器”，是技术优势转化为市场优势的法律保障。
实践表明，在一个没有知识产权的国家，自主创新会受到挫折，自主创新的成果会丧失，自主创新的精神也会受到压抑。知识产权的重要作用，告诫我们要高度重视知识产权工作。从国家层面上看，要将知识产权战略作为一个关系发展大局的国家战略，进一步加强政府对知识产权工作的领导，保护和鼓励从事发明活动的积极性和创造性。从企业和科研人员看，要切实加强知识产权意识，加大知识产权申请和保护的主动性。
第六，原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新的关系。自主创新的内涵包括三个方面，一是原始创新，二是集成创新，三是引进消化吸收再创新。三者相互包容、相互依存，各有侧重。
原始创新活动主要集中在基础科学和前沿技术领域，这是为未来发展奠定坚实基础的创新。从长远看，原始创新能力的强与弱，直接影响到我国科技的持续创新能力，有着重要的战略意义。集成创新，就是要博采众长为我所用，把众多的新技术优化组合，发挥出1＋1大于2的能量；引进消化吸收再创新，是一种“借鸡生蛋”的创新，把引进的先进技术加以改造升级，为我所用，使之实现技术上的新突破。后两者具有重要的现实意义。
原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新都是自主创新的重要组成部分。原始创新不断地发现新规律，创造新知识，为科技创新提供不竭的动力源泉。集成创新，引进消化吸收再创新利用别人的原始创新成果，使自己的创新能力借势成长。因此，三者没有前后之分，只有应用范畴之别。
对于原始创新，我们要目光远大，超前部署。选择一批有基础和优势、国力可以保证，能跃居世界前沿，一旦突破对国民经济和社会发展有重大带动作用的课题，加强基础性研究和高新技术的研究开发。对于集成创新，不可理解为多种新技术的无机“捆绑”，而是“智取华山”的有机结合。要以获取知识产权为基点，选择有利的技术，创造新的自主品牌。引进消化吸收再创新，重在“消化吸收”，贵在“再创新”，要善于总结前人的经验，驱弊兴利，更好地实现“洋为中用”、“水土相服”。
走自主创新之路，建设创新型国家，引导我国科技事业进入了高速发展的快车道。展望新世纪，一个崭新的蓝图已经绘就，一条光辉的道路已经展开，我们要在以胡锦涛同志为总书记的党中央领导下，坚定信心，明确方向，坚韧不拔，团结奋斗，为早日进入创新型国家行列而努力奋斗！